通风柜在运行过程中，可能会遇到各种问题，而使用人员要具备一定的操作知识，以确保设备运行的稳定。
通风柜的主要作用是吸收有害气体，保护实验环境的安全，设备的面风速由视窗的高度决定，视窗高度高，面风速就越快，而我们在进行实验时，正确的方法是，将实验放置于通风柜能够吸收的范围内。
实验负压的控制，如果实验室内通风柜较多，使用的时间比较长，长时间的排风可能会导致室内负压的产生，一旦负压环境产生，则会导致空气倒流的现象产生，为了保证室内气压的稳定，则需要给实验室设置补风系统，当长时间大量使用通风柜时，要开启补风系统，以减少室内负压的危险，同时也可以使用变风量控制装置，调节设备的送风量，以及排风数值，这样就能很好的控制室内的气压系数。
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