通风柜的摆放位置要视情况而定，根据实验室内的实际需求，通风柜不能离其它实验设备太远，同时尽量与周围相衬托，不能看起来太过突兀。
通常来说，通风柜要尽量放置在边角，而不能放置在实验室的中心部位，但也不能太过偏僻，藏在使用起来十分不方便的位置，实验室的中心位置人员流动较多，容易产生气流，而通风柜的视窗前一旦产生气流，就容易引发紊流，造成通风柜内部的污染气体逃逸，因此通风柜要摆放在靠边的位置，而由于在实验时，通风柜的使用频率很高，所以也不能摆放在无人问津的位置，综上两点，建议将通风柜摆放在门旁靠边的位置。
再一点，有的通风柜需要安装水电，在摆放时，要给电路和水路留出足够的位置。
如果是多个通风柜的安装和摆放，不能散开太多，最好将多个通风柜摆放在一起，因为要考虑到通风系统的设置问题，如果通风柜分散开太多，则管道的设置会十分复杂，并且增加不必要的管道，导致工程美观度太差。
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