通风柜需要配备成套的通风系统才能运转，而常见的通风系统又分为两种，集中式和分散式通风系统，这两种系统有不同的优缺点，接下来就讲一讲它们之间的区别。
分散式通风系统是单个通风柜常见的配套系统，这种系统采用一对一的配备方法，让每个通风柜都能独立运行，当实验室的通风柜运转时，它们之间不会相互影响，因此在使用时更容易达到预定效果，不会因为多个设备同时运行，造成风力不足等现象产生，同时它的缺点是通风系统都要配备独立的风机和管道，因此会有很多的管道和风机，这样会造成成本的上升。
集中式通风柜则是将多个通风柜串联，使用同一个通风系统，其优点很明显，通风系统单一，无需配备过多的管道和风机，成本也更低，但缺点也明显，因为要保证多个设备的运行，因此风机的功率很大，产生的噪音也很大，使用时十分不方便，操作起来也麻烦，但对比之下，无需在墙上开太多洞，价格还便宜也相对能够接受了。
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