通风柜在进行使用时也有很多需要注意的细节问题，这些细节问题往往会引起设备的故障产生，或者实验数据的不准确，为了能够保障实验的有序进行，需要使用者注意以下几点问题：
设备的换气问题，通风柜进行运转时会将空气从内部空间抽离，如果室内空间是封闭式的，则容易产生过低的负压空间，因此需要定时进行换气处理，换气频率为，每小时6-12次，同时，每隔2个小时进行一次补风。
使用通风柜时，要保障实验室内的气流处于不断更新当中，如果室内负压指过高，则排风效率会降低，同时容易出现空气倒流的现象，造成气流的交叉感染，因此实验室不仅要有排风系统，还要有补风系统，两者相互作用，才能好形成良好的实验室空气循环。
通风柜往往可以进行强度的控制，通风的强度不能过高，也不能忽高忽低，要保持稳定的排风，这样才能防止紊流的产生，保证室内空气的洁净度。
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