无尘车间有时候会造成交叉污染，而污染的原因是人员往返、工具传输、物料运输和空气流动等，而为了防止交叉污染的产生，就要进行一定的防护措施。
人员的流动，会将洁净度低区域的污染物带到无尘车间内，为了杜绝这种情况，我们可以设置单独的隔离间，将入口和无尘车间隔离开，人员先进入隔离间，然后再进入无尘车间，这样能够有效的减少人流带来的灰尘等污染。
人流的控制也是减少污染物进入的有效方法，通常来说，无尘车间会分设货物传输通道和人流通道，这样使得分工更加明确，在进行物品的传输时，更加快速稳定，出现灰尘的可能性更低。
隔离间也要做好除尘工作，当人员或者货物进入隔离间时，灰尘会被吸收，进入到无尘车间的物品，所携带的灰尘也会变少，这样就减少了灰尘进入无尘车间的可能。
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